En Isla Lobos se cuenta con gran variedad de flora y fauna marina, esto debido a que esta formado sobre un arrecife de coral. La fauna marina comprende varias especies de estrellas de mar, erizos, pepinos de mar y esponjas. Asimismo, se estima que es posible encontrar al menos 25 especies de moluscos, entre los que destacan los caracoles, pulpos y el casco gigante, y 60 especies de crustáceos, entre los que se encuentra la langosta espinosa.
En cuanto a la diversidad de peces, se estima que es posible encontrar hasta 242 especies diferentes, dependiendo su distribución, de la profundidad y de la composición del arrecife mismo.
Por su parte, varios estudios que se le han realizado indican que entre los diferentes ambientes de este arrecife es posible contar al menos 100 especies de algas, las cuales se encargan de fijar los carbonatos del ecosistema. En cuanto a los corales, es posible encontrar el coral cuerno de alce y el coral cuerno de venado, ambos considerados por la Norma Oficial Mexicana 059 como sujetos a protección especial.
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